Bermula dari Pos Kebaktian yang didirikan oleh GKI Ngupasan pada 3 Januari 1993, yang kemudian ditingkatkan menjadi Bakal Jemaat pada 3 November 1996, dan akhirnya didewasakan pada 3 Maret 2000. Pendirian gereja ini merupakan hasil dari perkembangan jemaat GKI Ngupasan, yang awalnya memiliki Pos Kebaktian di daerah Prayan Kulon yang kemudian berpindah ke Gejayan. Jumlah anggota sekarang +/-2700 anggota jemaat (data 2025).

GKI Gejayan adalah gereja yang bertumbuh di tengah-tengah berbagai kampus di Kota Yogyakarta. Berbeda dengan jemaat GKI Ngupasan, GKI Wongsodirjan, GKI Gondomanan yang terletak di tengah kota. Keunikannya ini membuat GKI Gejayan banyak dihadiri oleh kaum mahasiswa dalam ibadah mingguan maupun kegiatan-kegiatan gereja lainnya.

Dengan kesadaran ini, Majelis Jemaat setempat sangat terbuka atas peran serta pelayanan para mahasiswa. Meskipun hanya kaum pendatang sementara waktu, simpatisan mahasiswa dapat ambil bagian dalam pelayanan termasuk menjadi pengurus dalam badan pelayanan. Dari jumlah kehadiran, 25% dihadiri oleh warga jemaat dan 75% dihadiri oleh simpatisan.

Ketertarikan orang-orang untuk hadir dalam ibadah karena ibadah di GKI Gejayan sangat beragam model liturginya (pagi hari : model ibadah GKI dengan alat musik utama piano dan diiringi Paduan suara, siang hari : ibadah ekspresif dengan worship leader dan diiringi music band memakai kombinasi lagu hymn dan lagu kontemporer, sore hari : ibadah kontemplatif dengan mini orchestra).

Keunikan lainnya, GKI Gejayan memiliki Pos Kebaktian di Pakuwon Mall lantai 3 dengan nama Pos Kebaktian The Grace – GKI Gejayan. Pos Kebaktian ini juga diminati kaum muda dan keluarga, walaupun di lantai yang sama juga ada beberapa gereja lain yang melayankan ibadahnya. Karena kebutuhan, jam ibadah dilayankan sejak pagi hari hingga petang. Total ada 10 kali ibadah dilayankan setiap minggu, yakni di GKI Gejayan : 08.00, 10.30, 13.00, 16.00, 18.30 ; di Pos Kebaktian The Grace : 08.30, 11.00, 13.15, 15.30, 18.00. Jumlah kehadiran rata-rata di GKI Gejayan 3000 lebih pengunjung setiap hari minggu dan di The Grace 2000 lebih pengunjung setiap hari minggu.

Dalam SG-GKI hari Kamis 13 November 2025 kita akan disapa oleh pendeta yang namanya rada susah disebut Guratan Pamentasing Pragolaesa, untung panggilannya mudah Ossa. Pdt. Ossa ditahbiskan 27 Februari 2018 di GKI Gejayan. Sampai saat ini melayani di GKI Gejayan.

 (Pengantar dari catatan Pdt.Ossa, video diedit dan diunggah oleh sdr. Sigit dari kantor Sinode GKI)